Eculizumab cảnh báo hộp đen về nguy cơ nhiễm trùng não mô cầu và chỉ có thể được kê đơn bởi các bác sĩ đã đăng ký và thực hiện chiến lược đánh giá và giảm thiểu rủi ro theo yêu cầu của FDA, bao gồm các bác sĩ tư vấn cho những người mà họ kê đơn thuốc, cho chúng là tài liệu giáo dục, và đảm bảo rằng chúng đã được tiêm phòng, tất cả đều phải được ghi lại.[6][7]

Eculizumab ức chế kích hoạt bổ sung thiết bị đầu cuối và do đó làm cho mọi người dễ bị nhiễm trùng với các sinh vật đóng gói. Nhiễm trùng não mô cầu nguy hiểm đến tính mạng và gây tử vong đã xảy ra ở những người dùng eculizumab.[6] Những người nhận eculizumab có nguy cơ mắc bệnh viêm màng não xâm lấn cao gấp 2.000 lần.[11] Do nguy cơ nhiễm trùng não mô cầu tăng lên, nên tiêm vắc-xin não mô cầu ít nhất 2 tuần trước khi nhận eculizumab, trừ khi nguy cơ trì hoãn điều trị bằng eculizumab cao hơn nguy cơ phát triển nhiễm trùng não mô cầu, trong trường hợp nên tiêm vắc-xin não mô cầu khả thi. Cả vắc-xin não mô cầu liên hợp A, C, W, Y và vắc-xin não mô cầu nhóm serogroup B đều được khuyến cáo cho những người dùng eculizumab.[12] Nhận được tiêm chủng khuyến cáo có thể không ngăn ngừa tất cả các bệnh nhiễm trùng não mô cầu, đặc biệt là từ viêm màng não do N. không thể nhóm được.[13] Năm 2017, rõ ràng là eculizumab đã gây ra bệnh viêm màng não xâm lấn mặc dù đã được tiêm phòng, vì nó cản trở khả năng của kháng thể chống vi khuẩn để bảo vệ chống lại bệnh xâm lấn.[14]

Nhãn của thuốc cũng có cảnh báo thiếu máu nghiêm trọng phát sinh từ sự phá hủy các tế bào hồng cầu cũng như các trường hợp nghiêm trọng của cục máu đông hình thành trong các mạch máu nhỏ.[6][7]

Nhức đầu là tác dụng phụ rất phổ biến, xảy ra ở hơn 10% số người dùng thuốc.[7]

Các tác dụng phụ thường gặp (xảy ra ở khoảng 1% đến 10% số người dùng thuốc) bao gồm nhiễm trùng (viêm phổi, nhiễm trùng đường hô hấp trên, cảm lạnh và nhiễm trùng đường tiết niệu), mất bạch cầu, mất hồng cầu, sốc phản vệ Phản ứng, phản ứng quá mẫn, chán ăn, thay đổi tâm trạng như trầm cảm và lo lắng, cảm giác ngứa ran hoặc tê, mờ mắt, chóng mặt, ù tai, tim đập nhanh, huyết áp cao, huyết áp thấp, tổn thương mạch máu, viêm phúc mạc, táo bón, táo bón Đau dạ dày, sưng bụng, ngứa da, tăng tiết mồ hôi, vết nám do chảy máu nhỏ dưới da và đỏ da, nổi mề đay, co thắt cơ, đau xương, đau lưng, đau cổ, sưng khớp, đau do tiểu, đau tự nhiên, cương cứng, phù chung, đau ngực, yếu, đau tại vị trí tiêm truyền và tăng transaminase.[7]